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小茨藻属于一年生的沉水植物，植株纤细，易折断，下部匍匐，上部直立，呈黄绿色或深绿色，基部节上生有不定根；株高4—25厘米。茎圆柱形，光滑无齿，花果期一般是8-9月。在水生态治理中，小茨藻是水质变化的风向标。